Le CNEA se réunit au moins une fois par an sous la présidence du Chef du gouvernement en vue d’examiner l’état d’avancement des travaux et le cas échéant, d’établir le programme annuel de réformes et approuver le rapport annuel.

L’animation du processus de réforme est assurée par un secrétariat rattaché aux services du Chef du gouvernement depuis 2015, qui veille à l’application des outils de gestion par les chefs de projets et apporte un soutien méthodologique et technique à l’ensemble des acteurs de la réforme.  

La mise en œuvre des différents projets inscrits au plan d’action du CNEA incombe aux chefs de projets et ce, en coordination avec le secrétariat et les différents acteurs concernés. Ils sont également chargés d’élaborer des reportings réguliers.